Début septembre 1944, les FFI de Belfort prennent le maquis sous les ordres du commandant Dufay et se regroupent sur les hauteurs de la Planche des Belles Filles.

Avec l'arrêt de l'offensive alliée à quelques kilomètres de Belfort, les positions du maquis deviennent difficilement tenables. La présence de l'armée allemande de plus en plus pressante, le manque de ravitaillements en vivres et munitions, puis la météo exécrable entraîne sa dissolution.
Ordre est donné à chacun de trouver une cache sûre et de se tenir prêt pour la libération de Belfort.
Seuls restent au maquis ceux recherchés par les autorités allemandes, qui vont tenter de rejoindre les lignes alliées. Malheureusement tous n'y arriveront pas.
Sur un effectif d'un peu moins de 700 résistants, le groupe FFI de Belfort a perdu 105 de ses hommes, morts au combat ou en déportation et pour la majorité d'entre eux, arrêtés puis exécutés.

Mi-octobre, la section de commandement se reforme en zone libérée à Lure avec pour but de rassembler tous les FFI de Belfort désirant continuer le combat.

Les effectifs étant insuffisants, le souhait de former un bataillon ne peut se faire.
Au final c'est une compagnie qui intègre la Brigade Alsace-Lorraine commandée par le colonel André Malraux.
Sous les ordres du commandant Dufay et du lieutenant Roncon, cette compagnie sera affectée au Bataillon Mulhouse et portera le nom de Commando Belfort.

Le lieu de ralliement de cette nouvelle compagnie est situé à Cult dans la région de Marnay où la Brigade Alsace-Lorraine est en cantonnement.
Par voie de presse ou par le bouche à oreille, le message passe, les Belfortains qui ont quitté leur ville opprimée, rejoignent le Commando Belfort, dont une partie des jeunes ayant échappé à la rafle du 14 septembre 1944.
Le lieutenant Guillaume quant à lui, ne ménage pas sa peine en démarches et liaisons auprès des autres formations FFI pour rallier les anciens camarades du maquis

Deux sections constitueront le Commando :
- Celle dite des "anciens", rassemblant les hommes aguerris aux combats et venant majoritairement des FFI de Belfort.
- Celle des "jeunes" n'ayant jamais connu le coup de feu et devant être formés aux techniques militaires.

Le 14 novembre, la reprise de l'offensive sur l'Est de la France sonne l'engagement du Commando Belfort pour la libération de sa région.
Engagé avec la Brigade dans le Sud Territoire, dans la région de Florimont-Courtelevant, le Commando Belfort déplore ses premiers  blessés, notamment le soldat Albert Essner grièvement touché au visage qui décédera quelques jours plus tard.

Le 26 novembre, le Commando Belfort ferme la marche du défilé de la libération de la ville. Nombreux sont les Belfortains qui reconnaissent les leurs et les acclament.

De cette poignée d'hommes, certains arrêteront leur engagement à Belfort pour retrouver la vie civile ou pour s'enrôler dans d'autres unités de la Première Armée, d'autres continueront au sein de la Brigade Alsace-Lorraine dans les combats de Basse et Haute Alsace, la garde du Rhin et la défense de Strasbourg.

Le 31 décembre 1944, le commandant Dufay et son chauffeur Pierre Monnier sont tragiquement tués dans un accident de la route. Le capitaine Dollfus prend alors la tête du Commando Belfort.

A la dissolution de la Brigade Alsace-Lorraine le 15 mars 1945, une partie des effectifs s'engage à la 3ème ½ brigade de chasseurs à pied sous les ordres du lieutenant-colonel Jacquot.